La primera vez que un dueño de PyME me pasa una nómina hecha a mano en Excel, casi siempre encuentro el mismo error: sumaron bien las percepciones y se equivocaron en el ISR. Calcular nómina en México no es difícil, pero tiene orden. Si te brincas un paso, el neto sale mal y el trabajador lo nota en la quincena. Aquí va el procedimiento completo, de las percepciones al peso final que recibe la persona.

Antes de tocar números, una idea que mucha gente ignora: la nómina no empieza en la calculadora, empieza en el registro de asistencia. Las faltas, los retardos, los días trabajados y las horas extra son el insumo del cálculo. Si ese dato está mal, todo lo demás está mal.

Paso 1: reúne los insumos antes de calcular

No puedes calcular una quincena sin estos datos por trabajador:

  • Salario diario y salario diario integrado (SDI).
  • Días efectivamente trabajados en el periodo.
  • Incidencias: faltas, incapacidades, permisos sin goce de sueldo.
  • Horas extra generadas y a qué tarifa (doble o triple).
  • Días de descanso laborados y domingos trabajados.
  • Percepciones variables: bonos, comisiones, premios de puntualidad o asistencia.
  • Embargos o pensión alimenticia notificados por un juez.

De aquí salen dos cosas. Los días trabajados, faltas y extras vienen del control de asistencia. Lo demás lo defines tú según el contrato y los acuerdos de la empresa. Si todavía juntas esto a mano cada quincena, ese es tu cuello de botella real, no la fórmula del ISR.

Paso 2: calcula las percepciones

Las percepciones son todo lo que el trabajador gana en el periodo. La base es el salario de los días trabajados, regulado por el artículo 82 y siguientes de la Ley Federal del Trabajo. Sobre esa base se suman los conceptos que apliquen:

  • Tiempo extra: las primeras nueve horas extra a la semana se pagan al doble; de la décima en adelante, al triple (artículos 67 y 68 LFT).
  • Prima dominical: si el trabajador labora en domingo, le corresponde un 25% adicional sobre el salario de ese día (artículo 71 LFT).
  • Prima vacacional: mínimo 25% sobre el salario de los días de vacaciones, cuando se pagan en el periodo.
  • Bonos y comisiones: lo pactado con la empresa.
  • Días de descanso laborados: el día se paga doble, más el salario ordinario del día.

La suma de todo esto es el total de percepciones. Aquí es donde el registro de asistencia hace o deshace el cálculo: si una hora extra no quedó registrada, no se paga; si una falta no se descontó, pagas de más.

Paso 3: aplica las deducciones

De las percepciones se restan las deducciones legales. Las tres principales:

ISR sobre nómina

El Impuesto Sobre la Renta lo retiene el patrón y lo entera al SAT. Se calcula con la tarifa del artículo 96 de la Ley del ISR, aplicada al ingreso gravable del periodo. La mecánica: ubicas el ingreso en el rango de la tabla, aplicas la cuota fija más el porcentaje sobre el excedente del límite inferior, y restas el subsidio para el empleo si corresponde. Esta es la parte que más errores genera en cálculos manuales, y la razón por la que conviene apoyarse en un contador para la configuración fiscal.

Cuota del IMSS a cargo del trabajador

El patrón también retiene la parte obrera de las cuotas de seguridad social, según la Ley del Seguro Social. El trabajador aporta un porcentaje de su salario base de cotización para los seguros de enfermedad, invalidez y vida, y cesantía. El patrón cubre la parte mayoritaria; del salario del trabajador se descuenta solo su porción.

INFONAVIT y pensión alimenticia

Si el trabajador tiene un crédito de vivienda, el descuento de INFONAVIT aparece en la nómina (un porcentaje, una cuota fija o veces salario mínimo, según lo notifique el instituto). Y si existe una orden judicial de pensión alimenticia, se retiene el porcentaje que indique el juez. Estos dos no aplican a todos: solo a quien tenga crédito activo u orden vigente.

Paso 4: obtén el neto a pagar

La fórmula es simple una vez que tienes las dos columnas:

EJEMPLO SIMPLIFICADO — quincena de un trabajador

PERCEPCIONES
  Salario (15 días x $400)              $6,000.00
  Horas extra (4 hrs al doble)            $400.00
  Prima dominical (1 domingo)              $100.00
  Bono de puntualidad                      $300.00
  Total de percepciones                  $6,800.00

DEDUCCIONES
  ISR retenido (tarifa art. 96 LISR)      $612.00
  Cuota IMSS del trabajador               $158.00
  INFONAVIT (no aplica)                     $0.00
  Total de deducciones                    $770.00

NETO A PAGAR  =  6,800.00 - 770.00  =   $6,030.00

Las cifras son ilustrativas para mostrar la estructura, no son tablas oficiales: el ISR y la cuota IMSS exactos dependen del periodo, del salario base de cotización y de los factores vigentes. Para los importes reales, confírmalos con tu contador o usa las tablas publicadas por el SAT. Lo que no cambia es el esqueleto: percepciones menos deducciones igual a neto.

El registro de asistencia es el insumo, no un trámite aparte

Insisto porque lo veo fallar cada quincena. Mucha PyME trata el checador y la nómina como dos mundos separados: uno marca horas, el otro paga. Y entre los dos hay una persona transcribiendo a mano. Ahí se cuelan los errores.

Cuando el control de asistencia y el cálculo están conectados, las faltas descuentan solas, las horas extra entran con su tarifa correcta y los domingos laborados ya traen su prima. El cálculo deja de depender de la memoria de quien arma la nómina. Si quieres entender cómo se ordena ese flujo, revisa nuestra guía de control de asistencia para PyME en México y cómo se registran las horas extra y las incidencias.

Acá va lo que pienso: el problema de nómina de la mayoría de las PyME no es la fórmula del ISR, es que los insumos llegan tarde, incompletos y a mano. Arregla el registro y la mitad de los errores desaparece.

Preguntas frecuentes

¿Cada cuándo se calcula la nómina en México?

Lo más común es quincenal para personal administrativo y semanal para personal operativo. La LFT permite que el salario se pague por semana en trabajo material y por quincena en los demás casos (artículo 88). El periodo lo define la empresa, pero debe ser consistente.

¿Qué diferencia hay entre salario diario y salario diario integrado?

El salario diario es lo que gana el trabajador por día de trabajo ordinario. El salario diario integrado (SDI) suma además la parte proporcional de aguinaldo, prima vacacional y otras prestaciones; es la base sobre la que se calculan las cuotas del IMSS.

¿El patrón paga ISR de su bolsa?

No. El ISR de nómina lo paga el trabajador; el patrón solo lo retiene y lo entera al SAT. En la nómina aparece como deducción porque sale del ingreso del trabajador, no del costo del patrón.

¿Las horas extra pagan ISR?

Sí, aunque hay un tramo exento. Una parte del tiempo extra puede estar exenta de ISR según las reglas de la LISR, y el resto es gravable. El detalle del límite exento conviene confirmarlo con un contador, porque depende del salario mínimo y del tipo de jornada.

¿Puedo calcular la nómina yo solo sin contador?

La estructura sí: percepciones, deducciones, neto. La parte fiscal —tarifa de ISR, subsidio para el empleo, integración del SDI, enteros al SAT y al IMSS— conviene revisarla con un contador. Calcular mal y enterar de menos al SAT genera multas y recargos.

Calcular nómina bien no se trata de memorizar tablas: se trata de que los insumos lleguen limpios y a tiempo. Si el registro de asistencia de tu empresa todavía vive en una hoja de papel, ese es el primer arreglo. Con Emplyx las faltas, los retardos y las horas extra quedan registrados y listos para alimentar el cálculo de cada quincena, sin transcribir nada a mano.